Il Museo si articolo in due percorsi: uno archeologico e uno artistico. Nella sezione archeologica sono esposte circa 4500 monete, soprattutto greco-romane, statuine, corredi funerari e ceramiche di provenienza greca o romana, ritrovate nel territorio. La sezione artistica, invece, conserva il Tesoro del Duomo, con paramenti sacri, dipinti, argenteria e la collezione Alessi, cui il Museo è dedicato.